Viện Kinh tế và Môi trường Đông Nam Á (Economy & Environment Partnership for Southeast Asia – EEPSEA) được hình thành từ Chương trình Kinh tế và Môi trường Đông Nam Á do Trung tâm Nghiên cứu Phát triển Quốc tế Canada (IDRC) khởi xướng vào năm 1993, với sự đồng tài trợ từ Sida (Thụy Điển) và CIDA (Canada).

Trong hơn hai thập kỷ hoạt động, chương trình đã góp phần đào tạo và phát triển năng lực nghiên cứu về kinh tế môi trường tại khu vực, hỗ trợ các nhà nghiên cứu đưa ra khuyến nghị chính sách dựa trên bằng chứng.

Năm 2015, EEPSEA chính thức chuyển mình thành một mạng lưới Đối tác Kinh tế Môi trường Đông Nam Á – EEPSEA Partnership – kết nối các viện nghiên cứu quốc gia tại Indonesia, Malaysia, Philippines, Thái Lan, Việt Nam và các quốc gia tiểu vùng sông Mekong. Mạng lưới này thúc đẩy nghiên cứu xuyên ngành nhằm đối mặt với các thách thức môi trường toàn cầu.

EEPSEA hiện quản lý EfD-Vietnam, thuộc hệ thống các trung tâm của Sáng kiến Môi trường cho Phát triển (Environment for Development – EfD) do Đại học Gothenburg (Thụy Điển) điều phối. EfD-Vietnam điều hành chương trình Blue Resources for Development (BlueRforD), tập trung vào phát triển bền vững nghề cá, nuôi trồng thủy sản và quy hoạch không gian biển gắn với tăng trưởng xanh, an ninh lương thực và giảm nghèo.